МКОУ «Общеобразовательная школа-интернат начального общего образования №2» создано в 2003 году приказом Управления образования № 01.07.556 от 23.12.2003 года с целью борьбы с безнадзорностью, защиты прав детства, оказания социально-психологической помощи детям с высокой степенью педагогической запущенности. В октябре 2003 г. решением Горсовета учреждение введено в сеть образовательных учреждений, но из-за отсутствия свободных помещений, осуществляло только воспитательные функции для детей из неблагополучных, многодетных и социально незащищённых семей Трусовского района. Постановлением мэра города С.А. Боженова № 08 - 64 - 53 от 08.04.05 г. школе-интернату № 2 передано здание ЦДО № 4 по улице Фестивальная, 21 в посёлке Стрелецкий Трусовского района. После выполнения ряда работ: перепланировки, капитального ремонта коммуникаций, канализации, крыши, косметического ремонта классных и спальных комнат с 2006 - 2007 учебного года в учреждении начал осуществляться учебный процесс. В 2008 - 2009 учебном году учреждение получило статус муниципальной общеобразовательной школы-интерната основного общего образования. В 2010-2011 учебном году на основании постановления администрации города Астрахани от 15.11.2010 г. №8984 «Об утверждении Порядка создания, реорганизации, изменения типа и ликвидации муниципальных учреждений, а также утверждения уставов», в соответствии с Положением комитета по образованию и науке администрации города Астрахани, утвержденным постановлением мэра города от 31.07.2009 г. №2912-м, с решением общего собрания трудового коллектива, учреждение переименовано в Муниципальную казенную общеобразовательную школу-интернат г.Астрахани «Общеобразовательная школа-интернат основного общего образования № 2». В 2016-2017 учебном году на основании Приказа администрации муниципального образования "Город Астрахань" управления образования от 03.08.2016 г. № 08-07-438 "Об утверждении новой редакции устава муниципального казенного общеобразовательного учреждения г. Астрахани "Общеобразовательная школа-интернат основного общего образования №2" МКОШИ №2 переименовалась в МКОУ г. Астрахани "Школа-интернат №2"